涎腺囊肿主要根据病因来进行鉴别诊断。如潴留性引起的原因有些是损伤性，也有些是发育性的导致潴留，所以对于潴留性的明确病因后，基本上就好鉴别了。
当然还有发育性的，比如腮腺囊肿，这种发育性囊肿一般会出现腮腺的耳垂下方到下颌角，会出现腮裂瘘，出现豆腐渣样的分泌物，可以跟潴留性的做鉴别。
另外腮腺导管扩张引起的囊肿，一般出现在颊部，首先从它的部位就会跟其他的有区别。因此涎腺囊肿可以从病因的角度，对它进行鉴别诊断，也可从部位的角度做鉴别诊断。
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